為了說明變構效應中（3）的定義現象而提出的理論。現在以莫諾德-懷曼-錢格斯（Monod-Wy-man-Changeux）的理論和科什蘭-內梅蒂-菲爾默（Koshland-Nemethy-Filmer）的理論最有名。M-W-C理論認為：變構蛋白有n個原基（亞基）是締合著的齊聚物，其中各原基呈R狀態（relaxed st-ate）的為Rn， 呈T狀態（taut state）的為Tn。底物不存在時Tn比Rn穩定，平衡常數L=〔Tn〕/ 〔Rn〕大于1。但是如果底物僅和R結合，對這種蛋白質溶液加入底物，隨其濃度逐漸上升，脫離Rn狀態的分子的比率逐漸增加。現在廢物-酶復合物的解離常數是Ks，底物濃度為〔S〕，若令〔S〕/Ks=a，在

越大，S型的特點就越顯著。因此可以認為負效是使L變大，正效是使L變小。與此相對應的K-N-F理論指出，在底物不存在的場合，原基均處于Tn狀態，與底物結合時，帶有底物的原基僅處于R狀態。因此若結合m個底物，就成為Tn-mRm的狀態。從Tn-mRm〔s〕m若產生1個底物分子解離時的平衡常數為Km，與每一分子的齊聚物酶結合的底物

　　現在，若K₁=K₂=…=Km=Kn，則此式也成為米夏埃利斯-門滕公式。而且在K₁…K_n互不相等的場合，n-〔S〕的圖也是S型的。對K-N-F理論來說，在Tn-mRm態中，與T相鄰的R的解離常數和與R相鄰的R的解離常數并不相等，這就是上面所說的K₁…K_n不相等的具體含義。不論上述哪種理論，與底物結合，而引起由T→R的變化的看法是共同的，這就是所謂的異構轉變（allosteric transi-tion），但在M-W-C理論中認為T_n→R_n是協同發生的，而與此相對，在K-N-F理論中卻是T_n→T_n-1R₁→T_n-2 R₂…這樣逐次發生的，在這一點上兩種理論是不同的。