亦稱初級菌絲。是擔子菌中由擔孢子發芽所生的單倍體（n）菌絲。把初生菌絲分主的聚合體稱作初生菌絲體。一般不形成子實體。它是產生可形成子實體的次生菌絲的基礎階段。縱向并列的各個細胞為單倍體的單核細胞，因而又稱它為單倍體菌絲或單核菌絲。把菌絲的這一狀態或生活環境中的這一階段稱為單核狀態，與次生菌絲的雙核狀態相對應。只有當初生菌絲是相互對應的生殖菌絲時，才進行體細胞結合（此時菌絲結合），產生次生菌絲。這與具有同型核的兩個初生菌絲，發生近似結合行為時的菌絲結合是有區別的，它不產生次生菌絲。