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管理制度主要包括六個方面內容。
一是明確制度建設目標。以進貨查驗、食品添加劑使用、生產過程關鍵控制點、出廠檢驗、銷售臺帳等為關鍵環節，以監控點文件記錄為主線，以食品標簽標識為可追溯單元載體，以產品批號為切入點，實現對食品生產加工質量安全的可監控、可查詢和可追溯目標。
二是明確體系建設要求。明確要求加強食品及食品原輔材料采購進貨查驗管理、食品添加劑使用管理、生產過程關鍵控制點管理、出廠檢驗管理、包裝標識管理、產品流向管理以及不合格食品召回等方面的制度建設，提高追溯管理的科學性。
三是明確企業主體責任。企業法定代表人或者企業負責人為第一責任人，質量安全受權人為直接責任人。企業內應明確食品生產質量安全追溯的管理部門，負責食品質量安全追溯制度的建立和組織實施，確保食品安全追溯制度的順利實施。
四是明確監管部門責任。各級食品藥品監督管理部門要落實屬地監管責任，負責對食品生產企業的食品生產追溯制度建立和運行情況實施監督檢查，記錄監督檢查情況和處理結果，并對結果進行科學運行。
五是明確制度實施范圍。所有獲得食品生產許可證的食品生產企業都應當實施食品生產質量安全追溯管理制度，保證生產的食品可監控、可查詢和可追溯。
六是明確加強檔案管理。企業應當建立食品質量安全追溯記錄檔案，將各環節的質量安全記錄統一歸檔管理，記錄保存期限不得少于兩年，產品有效期長于兩年的，應保存至有效期滿六個月。
