利用沼氣貯藏蘋果，投資少、操作簡便、效益顯著。用沼氣貯藏的蘋果與用普通袋貯藏的蘋果相比，硬度高0.32～0.33kg／cm2，可溶性固形物含量高0.72％左右，水分消耗少0.3％～1.8％，優果率高13.6％～15.1％，且口感好，貯藏時間可達200天以上。具體操作方法如下：
    確定合適的貯藏形式通常有容器式、薄膜罩式、土窖式、貯藏室式４種貯藏形式。容器式和薄膜罩式具有投資少、設備簡單、操作方便等優點，但貯藏量小，適合短期貯藏；土窖式和貯藏室式投資較大，密封技術要求高，但貯藏容量大，使用周期長，環境條件受外界干擾小，適合長期貯藏。用沼氣貯藏蘋果，一般選擇貯藏室式。
    果實處理10月中旬采果后將蘋果預冷３天左右，散去蘋果的田間熱。將無病蟲害、無損傷的好果裝入塑料筐、紙箱或聚乙烯塑料袋中，放入用聚乙烯薄膜密封的貯藏室內，外設水銀溫度計和相對溫度計，以便隨時檢查室內的溫度和濕度變化情況。果品箱堆好后封門，并用膠帶紙或其他密封材料密封門縫。
    向貯藏室定量充入沼氣充入沼氣的初始含量為5％～7％，10天后將沼氣含量調整為12％～16％，使貯藏室環境氣體的含氧量保持在３％～10％，二氧化碳含量保持在２％～10％。
    溫度、濕度控制一般情況下，貯藏室的溫度應保持在1℃～5℃，濕度應保持在80％～90％。
    日常管理貯藏室充入沼氣后的前兩個月，每隔10天將蘋果翻動一次。翻動時，應及時檢查貯藏狀態，如有爛果、傷果應馬上挑出。以后每月翻動一次，并進行換氣。換氣時間一般在低溫季節的上午10時至下午4時，溫度較高時換氣宜在夜間進行。同時，可定期用２％的石灰水對貯藏室的地面、墻壁、果箱等進行消毒，保持環境衛生清潔。