棉花苗期病蟲害是制約棉田壯苗早發的重要因素。苗期病害主要有根病和葉病兩大類。蟲害主要有棉蚜、薊馬、地老虎、紅蜘蛛盲椿象等。

棉花苗期根病。以立枯病和炭疽病為主，多雨年份，猝倒病也比較重；葉病主要是輪紋斑病。苗期病害是由多種病原菌復合侵染造成的并發性病害，有時候從癥狀上很難區別是葉病還是根病。一般以出第一片真葉時最易得病，而發病的環境條件，是低溫高濕。生產中棉花苗期病害要以防為主，首先要通過及時中耕、間苗、定苗等管理，改善棉苗生長條件，使棉苗生長健壯，增強棉苗的抗、耐病能力；其次，在低溫寒流來臨之前噴霧殺菌劑進行防治。可選用50%多菌靈500-800倍液或70％甲基托布津800-1000倍液或15％三唑酮可濕性粉劑800-1000倍液噴灑，間隔1周噴1次，共噴2-3次。

棉花苗期蟲害。苗期害蟲主要有紅蜘蛛、棉蚜、地老虎等，可用50％抗蚜威可濕性粉劑1000倍液或用4.5％高效氯氰菊酯乳油1000倍液加10％吡蟲啉1000倍液噴霧。兼治盲蝽象、棉薊馬、玉米螟；如有地老虎，可配制毒餌防治，用50%的辛硫磷50克對水1公斤噴拌在5公斤炒香的麥麩或碎棉籽餅上,制成毒餌,傍晚順壟撒施，或用50％辛硫磷1500倍液噴霧防治。