在苜蓿病害綜合防治體系中，農(nóng)藥的應(yīng)用十分有限，苜蓿病害的防治更加注重于“防”，更加依賴于農(nóng)牧措施。包括整地、播種、田間管理、利用與收獲、儲(chǔ)藏的全過(guò)程。

1、利用抗病品種

抗病品種的利用是防治苜蓿及其他牧草病害的最有效和最主要的措施。美國(guó)培育的抗病性苜蓿如：皇后2000（Empress2000）、全能（Total+Z）、全明星（Alfastar）、盛世（Millennmium）、豐寶（Powerplant）、牧歌702（AmeriGraze 702）、巨人802（AmeriStand 802）、南霸天（Alfasuper）等。可以認(rèn)為，這些品種對(duì)苜蓿的大多數(shù)病害有較強(qiáng)的抗性，所以，在引進(jìn)苜蓿品種時(shí)，應(yīng)注意選擇相應(yīng)抗病性的品種。

2、牧草混播

不同種的牧草，特別是豆科與禾本科牧草混播，由于其可提高土壤肥力，增加牧草產(chǎn)量并改善群落結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性，是草地生產(chǎn)中的常用措施。研究表明：苜蓿與無(wú)芒雀麥混播，可顯著地降低苜蓿褐斑病與黑莖病的發(fā)病率；苜蓿與披堿草或粗穗披堿草混播，可明顯抵抗苜蓿褐斑病；多年生黑麥草與紅三葉混播，抵抗病害且增加產(chǎn)量等。

3、殺菌劑拌種

殺菌劑拌種是發(fā)達(dá)國(guó)家防治種傳和土傳病害，提高牧草種子發(fā)芽和田間出苗率的有效措施，在20世紀(jì)40年代以來(lái)，一直用于包括苜蓿在內(nèi)的各種牧草及飼料作物。研究表明：我國(guó)11個(gè)省區(qū)，絕大多數(shù)苜蓿種樣帶菌率非常高，且10余種種子帶真菌可嚴(yán)重降低苜蓿種子的萌發(fā)和幼苗的生長(zhǎng)。

4、合理施肥

施肥的作用：增強(qiáng)植物的抗病性，補(bǔ)償因病害引致的損失或提高土壤中有益微生物活動(dòng)。研究表明：土壤中的硫含量低，是加重苜蓿根腐病的原因之一；增施鉀肥可降低苜蓿根病的發(fā)病率和鐮刀菌的侵入率；增施氮肥可增加苜蓿黑莖病的發(fā)病率，而土壤中的鈣可降低莖線蟲(chóng)對(duì)牧畜的危害。

5、草地合理利用

草地合理利用減輕病害危害的原理是減少田間病原物數(shù)量及增強(qiáng)植物自身的活力。當(dāng)苜蓿地上部分普遍發(fā)生葉斑病，如褐斑病、霜霉病、白粉病等病害時(shí)，應(yīng)提早刈割或放牧，以減少田間侵染原的積累，降低再生牧草的發(fā)病率。但這一措施不適應(yīng)根病，當(dāng)苜蓿發(fā)生根病時(shí)，增加刈割的次數(shù)，便相應(yīng)地增加病害的嚴(yán)重度與植株的死亡率。

6、焚燒殘茬
　
　　早期焚燒苜蓿殘茬，減輕病害的原理是減少生長(zhǎng)季中初級(jí)侵染源，即病原物的數(shù)量。焚燒亦是消滅苜蓿田中菟絲子危害的有效措施。