1 了解微生物在自然界的分布
2 理解微生物在自然界物質循環中的作用
3 掌握微生物與生物環境間的相互關系
4 應用微生物生態學原理分析和設法解決與食品環境有關的微生物問題
生態學是研究生物系統與其環境條件間相互作用的規律性的科學。因此，微生物生態學就是研究微生物群體——微生物區系（microflora）或正常菌群（normal flora）對其周圍的生物和非生物環境條件相互作用關系的科學。
在生物學研究對象中，一般可以分成十個水平，依次為：“生物圈（biosphere）、生態系統（ecosystem）、群落（community）、種群（population）、個體（individual）、器官（organ）、組織（tissue）、細胞（cell）、細胞器（organelle）和分子（molecule）。其中前四個客觀層次都是生態學的研究范圍。在此，我們僅介紹微生物生態學中的一些基礎知識及其應用。
研究微生物的生態有著重要的理論意義和實踐價值。例如，研究微生物的分布規律，有助于開發豐富的菌種資源，防止有害微生物的活動；研究微生物間及其與它種生物間的相互關系，有助于發展新的微生物農藥、微生物肥料以及積極防治人和動、植物病蟲害，也有利于發展食品混菌發酵、序列發酵和生態農業；研究微生物在自然界物質循環中的作用，有利于闡明地球進化和生物進化的原因，也可促進探礦、冶金、保護環境、提高土壤肥力以及開發生物能（沼氣）等各項生產事業的發展。
2 理解微生物在自然界物質循環中的作用
3 掌握微生物與生物環境間的相互關系
4 應用微生物生態學原理分析和設法解決與食品環境有關的微生物問題
生態學是研究生物系統與其環境條件間相互作用的規律性的科學。因此，微生物生態學就是研究微生物群體——微生物區系（microflora）或正常菌群（normal flora）對其周圍的生物和非生物環境條件相互作用關系的科學。
在生物學研究對象中，一般可以分成十個水平，依次為：“生物圈（biosphere）、生態系統（ecosystem）、群落（community）、種群（population）、個體（individual）、器官（organ）、組織（tissue）、細胞（cell）、細胞器（organelle）和分子（molecule）。其中前四個客觀層次都是生態學的研究范圍。在此，我們僅介紹微生物生態學中的一些基礎知識及其應用。
研究微生物的生態有著重要的理論意義和實踐價值。例如，研究微生物的分布規律，有助于開發豐富的菌種資源，防止有害微生物的活動；研究微生物間及其與它種生物間的相互關系，有助于發展新的微生物農藥、微生物肥料以及積極防治人和動、植物病蟲害，也有利于發展食品混菌發酵、序列發酵和生態農業；研究微生物在自然界物質循環中的作用，有利于闡明地球進化和生物進化的原因，也可促進探礦、冶金、保護環境、提高土壤肥力以及開發生物能（沼氣）等各項生產事業的發展。