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質(zhì)粒DNA的小量制備

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-06-28

(一)細(xì)菌的收獲和裂解

1.收獲
1)將2ml含相應(yīng)抗生素的LB加入到容量為15ml 并通氣良好(不蓋緊)的試管中,然后接入一單菌落,于30℃劇烈振搖下培養(yǎng)過夜。
2)將1.5ml培養(yǎng)物倒入微量離心管中,用微量離心機(jī)于4℃以12000g離心30秒,將剩余的培養(yǎng)物貯存于4℃。
3)吸去培養(yǎng)液,使細(xì)菌沉淀盡可能干燥。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當(dāng)液體從管中吸出時,盡可能使吸頭遠(yuǎn)離細(xì)菌沉淀,然后繼續(xù)用吸頭通過抽真空除去附于管壁的液滴。
1.收獲
1)將2ml含相應(yīng)抗生素的LB加入到容量為15ml 并通氣良好(不蓋緊)的試管中,然后接入一單菌落,于30℃劇烈振搖下培養(yǎng)過夜。
2)將1.5ml培養(yǎng)物倒入微量離心管中,用微量離心機(jī)于4℃以12000g離心30秒,將剩余的培養(yǎng)物貯存于4℃。
3)吸去培養(yǎng)液,使細(xì)菌沉淀盡可能干燥。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當(dāng)液體從管中吸出時,盡可能使吸頭遠(yuǎn)離細(xì)菌沉淀,然后繼續(xù)用吸頭通過抽真空除去附于管壁的液滴。

3.煮沸裂解
該法根據(jù)Holmex和Quigley(1985)的方法改進(jìn)而成。
1)將細(xì)菌沉淀[收獲細(xì)菌和步驟3)所得]重懸于350μlSTET中。
STET
0.1mol/L NaC
10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)
1mmol/L EDTA(pH8.0)
5% Triton X-100
2)加25μl新配制的溶菌酶溶液[10mg/ml,用10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)配制],振蕩3秒鐘以混勻之。如果溶淮中pH低于8.0,溶菌酶就不能有效發(fā)揮作用。
3)將離心管放入煮沸的水浴中,時間恰為40秒。
4)用微量離心機(jī)于室溫以12 000g離心10分種。
5)用無菌牙簽從微量離心管中去除細(xì)菌碎片。
6)在上清中加入40μl 5mol/L乙酸鈉(pH5.2)和420μl異丙醇,振蕩混勻,于室溫放置5分鐘。
7)用微量離心機(jī)于4℃以12 000g離心5分種,回收核酸沉淀。
8)小心吸去上清液,將離心管倒置于一張紙巾上,以使所有液體流出。再將附于管壁的液滴除盡。除去上清的簡便方法是用一次性使用的吸頭與真空管道相連,輕緩抽吸,并用吸頭接觸液面。當(dāng)液體從管中吸出時,盡可能使吸頭遠(yuǎn)離核酸沉淀,然后繼續(xù)用吸頭通過抽真空除去附于管的液滴。
9)加1ml70%乙醇,于4℃以12 000g離心2分鐘。
10)按步驟8)所述再次輕輕地吸去上清,這一步操作要格外小心,因為有時沉淀塊貼壁不緊,去除管壁上形成的所有乙醇液滴,打開管口,放于室溫直至乙醇揮發(fā)殆盡,管內(nèi)無可見的液體(2-5)分鐘。
11)用50μl含無DNA酶的胰RNA酶(20μg/ml)的TE(pH8.0)溶解核酸稍加振蕩,貯存于-20℃。
i.當(dāng)從表達(dá)內(nèi)切核酸酶A的大腸桿菌株(endA 株,如HB101 )中小量制粒DNA?xí)r,建議舍棄煮沸法。因為煮沸步驟不能完全滅活內(nèi)切核酸酶A,以后在Mg2 存在下溫育(V中用限制酶時)質(zhì)粒DNA可被降解。 在上述方案的步驟9)之間增加一步,即用酚:氯仿進(jìn)行抽提,可以避免這一問題。
ii.此法制備的高考貝數(shù)質(zhì)粒(如Xf3哉pUC),其產(chǎn)量一般約為:每毫升原細(xì)菌增減物3-5μg。
iii.如果要通過限酶切割反應(yīng)來分析DNA,可。μlDNA溶液加到另一個含8μl水的微量離心管內(nèi),加1μl 10x限制酶緩沖液和1單位所需限制酶,在適宜溫度溫育1-2小時。將剩余的DNA貯存于-20℃。通過凝膠電泳分析經(jīng)限制酸消化的DNA片段。如果小量制備的DNA不被限制酶切開,很有可能在收獲細(xì)菌的步驟3)或上述步驟8)未能很好地去除所有液體。這種情況下,可用酚:氯仿抽提DNA終產(chǎn)物,然后用乙醇重新沉淀DNA,通常,用5-10倍過量的酶(特別是并不昂貴的酶)在100-200μl 體積中進(jìn)行消化,可以克服限制酶切割反應(yīng)遇到切割反應(yīng)遇到的困難。消化后, 加0. 1 體積3mol/L乙酸鈉(pH5.2)和2倍體積乙醇沉淀DNA。

(二)質(zhì)粒DNA小量制備的問題與對策

  裂解和煮佛法都極其可靠,重復(fù)性也很好,而且一般沒有會么麻煩。多年來,在我們實(shí)驗室中日常使用這兩種方法的過程中,只碰到過兩個問題:
1)有些工作者首次進(jìn)行小量制備時,有時會發(fā)現(xiàn)質(zhì)粒DNA不能被限制酶所切割,這幾乎總是由于從細(xì)菌沉淀或從核酸沉淀中去除所有上清液時注意得不夠。大多數(shù)情況下,用酚:氯仿對溶液進(jìn)行抽提可以去除小量備物中的雜質(zhì)。如果總是依然存在,可用離心柱層析注純化DNA。
2)在十分偶然的情況下,個別小時制備物會出現(xiàn)無質(zhì)粒DNA的現(xiàn)象。這幾乎肯定是由于核酸沉淀顆粒已同乙醇一起被棄去。

 
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