1 雙相電泳(2－D PAGE)——蛋白質分離技術
雙相電泳由O'Farrell于1975年首先創建。雖然并不是一項新技術，其仍成為目前獲得蛋白質圖譜的最主要手段�；驹硎堑鞍踪|首先于第一相根據其等電點在pH梯度膠中等電聚焦(isoelectric focusing or IEF)，然后在第二相按照各蛋白質的分子量大小(SDS-PAGE)進行第二次電泳分離。與一維的IEF或SDS-PAGE相比，雙相電泳具有更高的分辨率，其可以分辨3000多種蛋白質。
傳統雙相電泳根據低分子量的氨基酸具有不同的等電點，采用兩性電解質作為載體，在外加電場下產生pH梯度；而新的穩定pH膠(immobilized pH gel,IPG)技術則利用丙烯酰胺的酸堿衍生物可以在膠聚合的過程□價結合于聚丙烯酰胺基質的特點，產生穩定的pH梯度。
樣品在系統中的溶解性與最終的分辨結果密切相關。目前，許多改進雙相電泳的研究都著眼于增加蛋白的溶解度。
2 質譜(Mass spectrometry,MS)——蛋白質鑒定技術
質譜已成為將蛋白質與其基因聯系起來的重要工具，廣泛用于蛋白質組的研究中，其基本原理是使極性或帶電的分子產生氣相離子，根據不同離子間的質荷比(m/z)來分離并確定分子量。離子化技術的提高使質譜技術得到了進一步發展。快速原子轟擊(FAB)可以使雙分子物質離子化，電噴霧離子化(ESI)和基質輔助的激光解吸離子化(MALDI)是更新的“軟離子化法”，它們被應用于多肽和蛋白質的離子化。
將化學和酶學的方法與質譜相結合，可以獲得由不完整的短肽所組成的序列梯度，以測定核酸序列。如用羥肽酶Y降解產生截去C末端殘基的短肽，然后使用FAB或MALDI／TOF(time-of-fight)離子化；我們還可以通過將已知序列蛋白質的數據庫中的質荷比與實驗測得的結果進行比較，從而推出待測序列。
與傳統的Edman降解法，Western印跡分析相比，質譜分析更為靈敏、精確、經濟，簡便。
3 蛋白質組數據庫(proteomic database)——生物信息學
生物信息學(bioinformatics)使用計算機技術儲存和分析生物學信息，由此建立的基因組數據庫加速了分子生物學的進展。蛋白質組數據庫將是生物信息學的新領域。
目前，雙相電泳結果可以采用電荷耦合器件——照相系統或掃描成像，再使用計算機輔助的影像分析和數據分析，解釋電泳結果。最早的雙相電泳膠數據庫建立于1992年，其站點名稱為SWISS-2DPAGE。自此，更多的數據庫(主要為21種)，及含有質譜分析軟件的程序庫都可以在互聯網上獲得。
