菌落原位雜交（colony in situ hybridization）。是將細菌從一主平板轉移到硝酸纖維素濾膜上，然后將濾膜上的菌落裂菌以釋放出DNA，將DNA烘干固定于膜上與32P標記的探針雜交，放射自顯影檢測菌落雜交信號、并與主平板上的菌落對位。
實驗步驟如下：
①將硝酸纖維素濾膜置于含抗生素的平皿瓊脂培養基上，用無菌牙簽挑取單菌落種于濾膜和主瓊脂平板上，排列成方格柵，膜和板上菌落位置相同。
②培養細菌至產生1-2mm大小的菌落。
③在一塊平皿中置4張濾紙，用10%SDS浸透，倒掉多余液體，將帶有菌落的濾膜取下輕輕置于濾紙上，菌落面在上，注意防止濾膜底面存有氣泡。
④5min后，將濾膜轉至用變性溶液（0.5mol/L NaOH,1.5mol/LNaCl）浸濕的濾紙上，放置10min。
⑤將濾膜轉至中和溶液（1.5mol/L NaCl, 0.5mol/L Tris-HCl
pH8.0)浸濕的濾紙上，放置10min，重復中和一次。
⑥將濾膜移至用2×SSPE溶液浸過的濾紙上，放置10min，SSPE配成20×貯備液：3.6mol/L NaCl,0.2mol/L
NaH2PO4(pH7.4)，20mmol/L EDTANa2（pH7.4)。
⑦將濾膜用濾紙吸干，80℃真空烘干2h。