1 質粒DNA的提取
質粒DNA是細菌細胞中小的共價閉合環狀雙鏈DNA。由于基因工程中使用的載體主要是質粒，因此，質粒DNA的提取和純化是進行基因工程的重要前提。提取質粒DNA的方法很多，下面介紹幾種有代表性的程序。
1)酚提取法
2)堿提取法 其基本原理是在溶菌酶和SDS破壁釋放DNA后，在強堿條件下，DNA變性成單鏈，當加醋酸鈉(NaAc)適當中和pH時，質粒DNA復性；而Ch-DNA和大分子RNA仍為單鏈并與蛋白質-SDS復合物被高鹽沉淀，質粒DNA留在溶液中。不需經酚氯仿抽提，即可直接用乙醇沉淀上請中的p-DNA)。
3)煮沸提取法 此法快速簡便，既可小規模檢驗也可大規模制備質粒DNA。其基本原理是在溶菌酶和Triton破壁釋放DNA后，迅速煮沸，使Ch-DNA和蛋白質沉淀，質粒DNA留在溶液中。
2 質粒DNA的純化(PCR產物的純化)
(1)加入0.1倍體積的10×STE緩沖液
⑵ 加入等體積的4 mol/L NH4Ac
⑶ 加入2.5倍體積室溫放置的無水乙醇
⑷ 立即在室溫下12 000r/min, 離心10 min，使DNA沉淀，小心地去掉上清
⑸ 加入200μl的70%（V/V）乙醇
⑹ 室溫下12 000r/min, 離心10 min，小心地去掉上清，干燥
⑺ 用與原樣品體積相等（或減小體積以使樣品濃縮）的TE緩沖液重懸DNA，放置4℃待用, 或-20℃貯存。