生物體中的脂類除構成生物膜外，大多以脂肪的形式儲存起來。脂肪分解產生甘油和脂肪酸，甘油可轉變為丙酮酸，再轉變為草酰乙酸及α-酮戊二酸，然后接受氨基而轉變為丙氨酸、天冬氨酸及谷氨酸。脂肪酸可以通過β-氧化生成乙酰輔酶A，乙酰輔酶A與草酰乙酸縮合進入三羧酸循環，可產生α-酮戊二酸和草酰乙酸，進而通過轉氨作用生成相應的谷氨酸和天冬氨酸，從而與氨基酸代謝相聯系。
但是這種由脂肪酸合成氨基酸碳架結構的可能性是受一定限制的。實際上，當乙酰輔酶A進入三羧酸循環，形成氨基酸時，需要消耗三羧酸循環中的有機酸，如無其他來源補充，反應將不能進行下去。在植物和微生物中存在乙醛酸循環，可以由兩分子乙酰輔酶A合成一分子琥珀酸，用于回補三羧酸循環中的有機酸，從而促進脂肪酸合成氨基酸。例如，含有大量油脂的植物種子，在萌發時，由脂肪酸和銨鹽形成氨基酸的過程進行得極為強烈。微生物利用醋酸或石油烴類物質發酵生產氨基酸，可能也是通過這條途徑。但在動物體內不存在乙醛酸循環。一般來說，動物細胞不易利用脂肪酸合成氨基酸。

蛋白質轉變為脂肪，在動物體內也能進行。生糖氨基酸，通過丙酮酸，可以轉變為甘油，也可以在氧化脫羧后轉變為乙酰輔酶A，再經丙二酰途徑合成脂肪酸。至于生酮氨基酸如亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸等，在代謝過程中能生成乙酰乙酸，由乙酰乙酸再縮合成脂肪酸，最后合成脂肪。另外，絲氨酸在脫去羧基后形成膽胺，膽胺在接受甲硫氨酸給出的甲基后，即形成膽堿，膽堿是合成磷脂的成分。