定位候選克隆是在定位克隆的基礎上部分融合了功能克隆的策略。先以基因的染色體定位信息和相應的染色體區段物理圖和遺傳圖為基礎，研究已定位在該區段中的基因、EST等與某一性狀(如疾病)的相關性，最后確定目的基因而加以克隆。這種策略大體上可分三個步驟：①利用家系分析、細胞遺傳學方法精確地把與某一性狀相關的基因定位在染色體上；②利用現存的信息，分析位于該染色體區段內的已知基因或EST，將其功能結構域同該性狀(疾病)攜帶者的生理生化異常、基因表達的時空專一性狀進行比較分析，從而確定候選基因；③在該性狀攜帶者中篩選出相關基因的突變，確定導致該性狀的目的基因。反之，若確定某一基因在染色體上的位置后，也可將已定位于這一區段內的所有遺傳性狀同該基因的結構和表達特征作比較，從而確定該基因的功能。馬方綜合征(Marfan syndrome)基因的克隆是這種方法的一個成功例子。先是通過家系連鎖分析將該病的相關基因定位在人的15號染色體長臂；幾乎同時，原纖蛋白(“brillin)基因也被定位在15號染色體的同一區域內，隨后便在患者中檢測到原纖蛋白基因編碼區的突變，從而證明原纖蛋白基因的突變是導致馬方綜合征的一個重要原因，并克隆了這個基因。