縱觀當前基因芯片的研究趨勢，基因芯片在今后幾年內可能的發展方向，可能有以下幾個方面：

1．進一步提高探針陣列的集成度，如有多家公司的芯片陣列的集成度已達1.0×105左右，這樣基因數量在1.0×105以下的生物體（大多數生物體）的基因表達情況只用一塊芯片即可包括。

2 提高檢測的靈敏度和特異性。如檢測系統的優化組合和采用高靈敏度的熒光標志。多重檢測以提高特異性，減少假陽性。

4高自動化、方法趨于標準化、簡單化，成本降低。價格高昂是目前推廣應用的主要障礙之一，但隨著技術的革新，基因芯片的價格將會大大降低。

5高穩定性。寡核苷酸探針、RNA均不穩定，易受破壞。而肽核酸（PNA）有望取代普通RNA/DNA探針，可以確保探針的高穩定性。

6 研制新的應用芯片，如1999年美國環保局(EPA)組織專家研討會，討論了毒理學芯片的發展策略。近來多種新的生物芯片不斷問世，這是物理學、生物學與計算機科學共同的結晶。

7 研制芯片新檢測系統和分析軟件，以充分利用生物信息。

8 芯片技術將與其它技術結合使用，如基因芯片PCR、納米芯片等。

9不同生物芯片間綜合應用，如蛋白質芯片與基因芯片間相互作用等，可用于了解蛋白質與基因間相互作用的關系。

當前，基因芯片數量呈幾何級數在增長，功能也日益完善，但價格卻大大降低。可以預見，基因芯片可能在未來3-5年，也即到2005年左右，將在醫學和生物學領域中得到廣泛應用，甚至普及使用！到2010年它可能成為常規的實驗技術，正如個人電腦的迅速普及一樣。

基因芯片作為生物芯片的代表，其發展目標同生物芯片的目標一樣是“芯片實驗室”(Lab-on-chip)，也即將整個生化檢測分析過程縮微到芯片上。“芯片實驗室”通過微細加工工藝制作的微濾器、微反應器、微泵、微閥門、微電極等以實現對生物樣品從制備、生化反應到檢測和分析的全過程，而且實驗過程趨于自動化從而極大地縮短的檢測和分析時間，節省了實驗材料，而且又降低人為主觀因素，大大提高實驗的客觀性。

總之，基因芯片技術發展到今天不過短短幾年時間，雖然還存在這樣或那樣的問題，但其在基因表達譜分析、基因診斷、藥物篩選及序列分析等諸多領域已呈現出廣闊的應用前景，隨著研究的不斷深入和技術的更加完善基因芯片一定會在生命科學研究領域發揮出其非凡的作用。基因芯片最終的意義和目的不再于本身，而在于它極大地提高了人類認識生命本質的能力和手段，為揭示人類這個復雜網絡系統打下基礎。從某種意義上我們可以這樣認為：基因的結構或種類決定物種；基因的功能或表達則決定生命，即生物的生、老、病、死。基因芯片技術將為我們提供一條認識生命本質的捷徑。當然基因芯片并非萬能，基因的表達并非代表生命活動本質，生命執行者應是蛋白質，因而基因芯片必需同蛋白組學相關技術，如二維凝膠電泳、蛋白質芯片、大規模雙雜交體系等相結合才有望真正揭示生命活動的時空過程。