等電點聚焦就是在電泳槽中放入載體兩性電解質，當通以直流電時，兩性電解質即形成一個由陽極到陰極逐步增加的pH梯度，當蛋白質放進此體系時，不同的蛋白質即移動到或聚焦于與其等電點相當的pH位置上，電聚焦的優點是：有很高的分辨率，可將等電點相差0.01-0.02pH單位的蛋白質分開；一般電泳由于受擴散作用的影響，隨著時間和所走的距離加長，區帶越走越寬，而電聚焦能抵消擴散作用，使區帶越走越窄；由于這種電聚焦作用，不管樣品加在什么部位，都可聚焦到其電點，很稀的樣品也可進行分離；可直接測出蛋白質的等電點，其精確度可達0.01pH單位。電聚焦技術的缺點是：一是電聚焦要求用無鹽溶液，而在無鹽溶液中蛋白質可能發生沉淀，二 是樣品中的成分必需停留于其等電點，不適用在等電點不溶或發生變性的蛋白質。 電聚焦技術要求有穩定的pH梯度，要求極防止對流和防止已分離區帶再混合的措施，其辦法有三：密度梯度，聚丙烯酰胺凝膠和區帶對流聚焦，以第一種方法為常用。