在水產養殖方面應用體系，就是要在親體-幼苗-養成-銷售整個過程中對包括養殖場在周圍環境、養殖水質、苗種、飼料、水產藥物等方面 進行全方位的監控，針對各個重要的環節進行危害分析，并加以控制，確保養殖產品不會人類的健康造成危害。

    1、對養殖場周圍環境的控制。對養殖場的選址、設計和建造必須認真進行，其危害可能出現在養殖場周圍環境中，有無物理、化學、放射性等污染源與之息息相關。土壤的特性與建造在該地的池塘的水質直接有聯系，如酸性土壤會使PH降低，從而使析出的金屬在水體中富集。如果池塘與農田或工礦區相連，殺蟲劑或其它化學物質必然會進入池塘，引起對魚體的化學污染。要做好這方面的控制，就要求池塘地理位置適宜，遠離有毒有害場所及污染源。

    2、養殖水質的監控。水源的選擇和水質的處理都是養殖水質監控的重點。養殖的水源是健康養殖的關鍵前題。工業、農田及居住區的廢水排放，都可能帶來過量的重金屬、農藥、病毒細菌等，為此，水產養殖場要遠離工業、農田及居住區，以避免水源受到污染。池塘的水質應該滿足漁業用水標準，要水質清新，不能含有過量的對人體有害的重金屬及化學物質，池塘的底泥及周圍土壤中的重金屬含量指標不超標。。日常的管理中，應每 天都對養殖水體測定其溫度、PH值、溶解氧、氨氮、硫化物等污染指標。通過水質分析和對底質的污染指標的監測，從而測出污染物的組成、變化及遷移的情況。以上監控都要建立糾編和驗證程序，并保存記錄。國家頒布了NY 5051-2001《無公害食品 淡水養殖用水水質》的行業標準，其標準可作為檢測、評價養殖水體是否符合無公害水產品養殖環境條件要求的依據。

    3、苗種安全的控制。育苗場在育苗過程中要禁用抗生素、孔雀石綠等藥物，避免高溫育苗、有親源關系的親本繁殖。育苗場中在育苗過程中使用對餌料、藥物、水質處理都要有嚴格的控制，必須做好控制和糾編的記錄。在苗種的放養上，要求選擇規格一致、無病害、無傷殘的優良苗種。

    4、在飼養管理上的控制。投喂用料是否安全、防病用藥是否適宜都是飼養管理中的重點環節。在投喂用料方面，國家頒布了NY 5072-2001《無公害食品 漁用配合飼料安全限量》的行業標準。由于飼料的安全性直接影響到養殖水產品的安全性，為此飼料生產企業須經把好原料采購、配方、加工操作等關。不能用鎮靜類、激素類等被限用或禁用的藥物作添加劑。在包裝上必須做到包裝規范，要有具體的飼料型號。貯存飼料的場所要干燥、通風，做好防鼠防蟲工作，注意保質期。每個養殖場都應建立飼料投喂、魚藥添加、飼料轉換等記錄保持程序，萬一不小心用了不合格的飼料，可采用轉移魚群或延長凈化時間的方法來處理。在防病用藥方面，國家頒布了NY 5071-2001《無公害食品 漁用藥物使用準則》的行業標準，根據此規定，重金屬鹽類、磺胺類、激素類、鎮靜劑類等藥物中有許多屬于限量使用或禁止使用。目前市場上的漁藥種類繁多，有許多是沒標明藥物成分和含量的，很容易造成藥物的非法使用，養殖者在購買漁藥時一定要選擇有藥物成分和含量及生產批號的藥物。養殖者應避免選用高毒、高殘留的漁藥，多選用中草藥或微生物制劑、水質改良劑等生態形高效低殘留藥物。在養殖場中要有專門的場所用來貯存藥物，此場所要做到干燥、通風，不能給陽光直曬。對于用藥的原因、種類、停藥期、用藥人等都應有完整的記錄，貫徹實?quot;全面預防，防重于治的方針。

    在正確的養殖管理中應用HACCP必定能提高水產品的食用安全性，確保水產養殖產品無公害化、綠色化、環保化，使其能順利進入國際市場，給養殖者帶來更大的經濟利益。