水產品質量安全越來越受到人們的關注，為了保證水產品國際貿易的順利進行和我國人民身體健康，我國政府還采取了一系列監管措施，如規定了水產養殖禁用藥物，提倡在水產養殖生產中使用生物制劑，少用化學藥物等。目前，光合細菌作為一種有益微生物已開始在水產養殖上發揮重要作用。

    1、水質凈化劑

    光合細菌能充分利用育菌水體中的有害物質，如利用硫化氫、氨、有機酸等有毒物質以及其他有機污染物質，作為菌體生長、繁殖的營養成分。在育苗和養殖水體中，它是一類水質凈化營養菌，具有清池和改良環境的作用。

    2、飼料添加劑

    將光合細菌液以1%—5%的量添加到對蝦餌料中，可提高對蝦的產量。添加新鮮菌液的效果，要明顯優于添加經真空干燥菌體和熱噴干燥菌體的效果。

    3、魚、蝦、貝幼體的餌料

    光合細菌營養價值高，在親貝的蓄養和幼蟲培育中均可作為輔助餌料投喂。光合細菌在育苗中的應用，一般對促進幼體生長、變態和提高成活率等方面有明顯效果，極大地提高了產量。其主要作用有兩方面，一是凈化水質，改善幼體的環境條件；另一方面作為餌料被幼體攝食（貝類幼體和對蝦幼體的蚤狀階段都能直接攝食光合細菌）。

    4、浮游動物的餌料

    用光合細菌和小球藻的混合液培養鹵蟲、輪蟲和枝角類，能大量節省藻類，使用也非常簡便，效果很好。

    要注意的是：光合細菌對抗菌素較為敏感，因此，在育苗池中加投光合細菌時，應避免投放較高濃度的抗菌素