世界上第一種轉(zhuǎn)基因食品是1993年投放美國市場的西紅柿。至今才短短幾年，動物來源的、植物來源的和微生物來源的轉(zhuǎn)基因食品發(fā)展非常迅速，各種類型轉(zhuǎn)基因食品應運而生。盡管至今尚無人給轉(zhuǎn)基因食品進行分類，但按慣例，按轉(zhuǎn)基因的功能是可以對其分類的。到目前為止，大致可以分成以下幾種類型：
(1)增產(chǎn)型。農(nóng)作物增產(chǎn)與其生長分化、肥料、抗逆、抗蟲害等因素密切相關，故可轉(zhuǎn)移或修飾相關的基因達到增產(chǎn)效果。
(2)控熟型。通過轉(zhuǎn)移或修飾與控制成熟期有關的基因可以使轉(zhuǎn)基因生物成熟期延遲或提前，以適應市場需求。最典型的例子是延熟速度慢，不易腐爛，好貯存。
(3)高營養(yǎng)型。許多糧食作物缺少人體必需的氨基酸，為了改變這種狀況，可以從改造種子貯藏蛋白質(zhì)基因入手，使其表達的蛋白質(zhì)具有合理的氨基酸組成。現(xiàn)已培育成功的有轉(zhuǎn)基因玉米、土豆和菜豆等。
(4)保健型。通過轉(zhuǎn)移病原體抗原基因或毒素基因至糧食作物或果樹中，人們吃了這些糧食和水果，相當于在補充營養(yǎng)的同時服用了疫苗，起到預防疾病的作用。有的轉(zhuǎn)基因食物可防止動脈粥樣硬化和骨質(zhì)疏松。一些防病因子也可由轉(zhuǎn)基因牛羊奶得到。
(5)新品種型。通過不同品種間的基因重組可形成新品種，由其獲得的轉(zhuǎn)基因食品可能在品質(zhì)、口味和色香方面具有新的特點。
(6)加工型。由轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物作原料加工制成，花樣最為繁多。