基因頻率（gene frequency）是指群體中某一基因的數量。基因頻率也就是等位基因的頻率。群體中某一特定基因的頻率可以從基因頻率（genotype frequency）來推算。如人們熟悉的人的MN血型，它是由一對共顯性等位基因M和N所決定，產生3種基因型M／M、M／N和N／N，而相應的表型是M、MN和N，而且比例是1／4M、1／2MN和1／2N。這個原理可以推廣到一般群體內婚配，如以群體中MN表型（基因型）的具體樣本數被所觀察到總數相除即可得到（轉換）相對頻率數。表6－1示某一群體的MN血型的相對基因頻率，再用此觀察到的相對來估算M和N在群體中等位基因的頻率。該群體中總人數為1419人，其中M血型（基因型M／M）392人，N血型（基因型N／N）320人，MN血型（基因型M／N）707人，按此可直接推算出M的等位基因頻率為：
　　 2×392——707/1419×2=0.53