形成親本型和重組型配子，但前者多于后者。在玉米，籽粒有色（A）對無色（a）呈顯性，飽滿（B）對凹陷（b）呈顯性，而且它們是連鎖的。利用具有這兩種性狀的親本雜交，其測交結果如下表：
親本型和重組型百分數分別為：
（4035 4032）/8368=96.4（％）
（149 152）/8368=3.6（％）*
由于測交一代的表現型類型和比例直接反映F1產生的配子類型和比例，可知F1不僅產生親本型配子AB和ab（占多數），還產生了重組型配子Ab和aB（占少數）。上述現象的發生，是因為多數初級性母細胞減數分裂時，兩連鎖基因間的非姊妹染色單體未發生互換，因此只形成兩類數目相等的親本型配子，少數初級性母細胞兩連鎖基因的非姊妹染色單體發生了互換，形成了數目相等的親本型配子和重組型配子。所以，不完全連鎖時，從總體來看，雙因子雜種產生的親本型配子數多于重組型配子數（圖2）。由于不完全連鎖基因同時具有連鎖和互換的傾向，是生物的普遍現象，又由于對一定生物來說，兩特定不完全連鎖基因間的互換百分數是一定的，所以把不完全連鎖基因的這種傳遞規律，稱為連鎖互換規律。
基因相距很遠的不完全連鎖 親本型配子和重組型配子相等（圖3）。這種現象一般發生在兩個不完全連鎖基因相距很遠時，使得每個初級性母細胞都可在這兩基因所在的非姊妹染色單體間發生一個單互換或奇數互換。這種情況下的遺傳與兩非連鎖基因的自由組合難以區分。
連鎖基因遺傳規律在理論上證實了基因位在染色體上，染色體是基因的載體，基因在染色體上呈直線排列，為基因定位奠定了理論基礎；基因的連鎖和互換，可使有利基因組合在一起和增加變異，因此有利于進化。在育種實踐上可加強育種工作的預見性，如果選育的兩性狀屬連鎖遺傳，且希望通過互換的非等位基因重組來選育新品種，則在相同選擇效果的條件下，連鎖群體的雜種群體要比獨立遺傳的大，且互換率越小，要求的雜種群體越大。此外還可提高選擇效率，例如，大麥稈銹病一般要到抽穗后才發生，因此在生育前期無法鑒定和選擇抗稈銹病植株。
后來發現，抗稈銹病大麥的苗期有一特點——葉片黃綠色。這是黃綠色基因和抗稈銹病基因連鎖的結果。這樣，在苗期只保留葉片黃綠色的幼苗，就相當于保留抗稈銹病植株。抽穗后，再復查一次，把抗稈銹病和豐產的選出來，這樣可大大提高選擇效率。
