超顯性假說(overdominance hypothesis)又稱“等位基因異質結合假說”，是1918年由Shall C H和East EM各自分別提出的。這個假說的要點是雜種優勢并非由顯性有利等位基因互補決定的，而是由于雜合等位基因(a1a2)的兩個成員在生理、生化反應能力以及適應性等方面，均優于任何一種純合類型(a1a1或a2a2)。這種雜合等位基因不論是顯性基因還是隱性基因，都表現出優勢。這種超顯性假說與上面提到的顯性假說相比，有一個重要的差別：顯性假說認為，兩個親本必須有兩對和兩對以上等位基因有差別時，等位基因間的相互作用才能表現雜種優勢；超顯性假說則認為，兩個親本只要有一對等位基因的差別，雜種就表現出優于親本的雜種優勢。