PCR-SSCP法是在非這性聚丙烯酰胺凝膠上，短的單鏈DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同構(gòu)象，一個(gè)堿基的改變將影響其構(gòu)象而導(dǎo)致其在凝膠上的移動(dòng)速度改變。其基本原理為單鏈DNA在中性條件下會(huì)形成二級(jí)結(jié)構(gòu)，這種二級(jí)結(jié)構(gòu)依賴于其堿基組成，即使一個(gè)堿基的不同，也會(huì)形成不同的二級(jí)結(jié)構(gòu)而出刺同的遷移率。由于該法簡(jiǎn)單快速，因而被廣泛用于未知基因突變的檢測(cè)。用PCR-SSCP法檢測(cè)小于200bp的PCR產(chǎn)物時(shí)，突變檢出率可達(dá)70％-95％，片段大于400bp時(shí)，檢出率僅為50％左右，該法可能會(huì)存在1％的假陽性率。應(yīng)用PCR-SSCP法應(yīng)注意電泳的最佳條件，一般突變類型對(duì)檢測(cè)的靈敏度無大的影響，同時(shí)該法不能測(cè)定突變的準(zhǔn)確位點(diǎn)，還需通過序列分析來確定。Sarkar等認(rèn)為對(duì)于大于200bp的片段，用其RNA分子來做SSCP會(huì)提高其錄敏度。應(yīng)用PCR-SSCP檢測(cè)點(diǎn)突變已見報(bào)道于人類大部分的腫瘤組織或細(xì)胞，如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。檢測(cè)的基因包括多種癌基因及抑癌基因，也是檢測(cè)抑癌基因p53突變最常用的方法，僅檢測(cè)第5-8外顯子即可發(fā)現(xiàn)85％以上的p53基因突變。由于該法簡(jiǎn)便快速，特別適合大樣本基因突變研究的篩選工作。