用多對引物同時擴增幾條DNA片段的方法稱為復合PCR（Multiplex PCR）。這一方法最初是由Chanberlain 等檢測人的基因發展而來。Bej等隨之發展了對環境樣品中不同屬細菌相關基因序列同時PCR擴增的檢測方法。兩種不同的軍團菌（legionella）基因，一為特異嗜肺L基因（mip），另一種為L-5SrRNA基因，通過引物搖擺（staggered）添加進行復合PCR。首先mip引物PCR擴增7個循環，然后加入5SrRNA引物PCR擴增38個循環。加入不同量的LacZ和LacB基因引物進行PCR擴增可以檢測大腸桿菌和與人類糞便污染有關的細菌包括E.coli大腸菌、腸源致病沙門氏菌和志賀氏菌。
　　在復合PCR中，所有引物Ta值應相近。如果兩對引物Tq值差異超過±℃10%，會使擴增產物的量明顯不同，其中一種擴增產物或目的DNA很難觀察到。另外，靶DNA的長度也應相近，差別大時短片的靶DNA會優先擴增，因此，會產生不同產量的擴增產物，為此，須采用DNA搖擺擴增或加入不等量的引物方法進行解決。