顯性假說首先由Bruce(1910)提出，后來Jones(1917)又進一步補充為顯性連鎖基因假說，簡稱顯性假說。該假說認為: 多數顯性基因有利于個體的生長和發育，相對的隱性基因不利于生長和發育。來自一個親本的顯性基因可以遮蓋來自另一親本的隱性基因，使得F1中具有比親本的顯性基因組合多，從而增加了雜合子代的生長勢。根據這個假說，雜合個體進行自交或近交就會增加子代純合體出現的機會，暴露出隱性基因所代表的有害性狀，因而造成自交衰退。該假說還認為: 具有雜種優勢的性狀，例如產量等均為數量性狀，涉及到很多基因，并且有害的隱性基因和有利的顯性基因難免相連鎖，所以要把為數較多的有利基因全部以純合體狀態集中到一個自交后代個體中的概率是微乎其微的，因而不可能獲得一個同雜種生長勢一樣的自交系。
　　顯性假說強調顯性作用基因對作物雜種優勢的貢獻，同時也得到部分實驗結果的支持，但過于簡單化。
　　Bauman(1959)和Spragne等(1962)的研究結果顯示，玉米籽粒產量受顯性基因影響，Castro等(1968)和Eberhart等(1968)利用數學模型分析開放受粉作物栽培玉米的雙親、F1、F2和自交后代的籽粒產量，結果顯示顯性效應并不重要。Burton(1983)用顯性和非顯性兩種模型對玉米雜種優勢進行了分析，指出，顯性效應并不是造成玉米雜種產量差異的主要原因。Xiao等(1995)用RFLP分子標記進行水稻數量性狀雜種優勢遺傳基礎研究。他們選擇了12個涉及水稻產量有關的一系列數量性狀進行田間觀察與室內分子標記多態性分析。他們的結果顯示: 水稻雜種優勢與整個基因組的雜合性不存在相關性，特別是在F8代自交系中篩選到一些重要株系，其綜合表型優于2個自交系親本的F1代; 因此他們認為，水稻雜種優勢主要決定于親本基因的顯性互補。