超顯性假說是Shull(1908)最先提出。該假說認為雜種優(yōu)勢是基因型不同的配子結合后產生的一種刺激發(fā)育的效應，后來，依斯特于1918年認為某些座位上的不同的等位基因(如A1和A2)在雜合體(A1A2)中發(fā)生的互作有刺激生長的功能，因此雜合體比兩個親本純合體(A1A1及A2A2)顯示出較大的優(yōu)勢，優(yōu)勢增長的程度與等位基因間的雜合程度有密切關系。
　　超顯性效應在有些單基因控制的性狀中得到證實。Berger(1976)的研究結果顯示，玉米酒精脫氫酶(Alcohol dehydrogenese ADH)基因在雜合狀態(tài)下，該酶功能明顯較強。人類的鐮形血紅蛋白雜合體(HbA/HbS)的紅細胞中同時存在著兩種血紅蛋白: 人類血紅蛋白(HbA)和鐮形紅細胞血紅蛋白(HbS)，雜合體即不是貧血癥患者，又較不易為虐原蟲感染，因而在虐疾流行地區(qū)更有利于生存。
　　超顯性的證據在多基因控制的性狀中不易得到。Hull(1952)的實驗結果顯示，超顯性在玉米雜種優(yōu)勢形成中有重要作用，Rambaugh等(1959)結果正好相反，絕大多數(shù)基因作用為加性效應。Jinks(1983)認為數(shù)量性狀中不存在超顯性效應，Stuber等(1992)利用RFLP分子標記進行玉米雜種優(yōu)勢的遺傳機制分析。他們選擇2個商用雜交種自交系B73和MO17配制雜種一代，從F1自交產生的F2代群體中隨機選擇264個單株自交建立264個F3株系，選取6個性狀進行統(tǒng)計分析，選用可覆蓋90～95%玉米基因組的76個RFLP分子標記用于位點多態(tài)性組成分析。他們分析后認為: 玉米中決定產量的數(shù)量性狀雜種優(yōu)勢與位點雜合性呈正相關(相關系數(shù)為0.68)，單一位點控制的性狀的表型與雜合性相關較少，隨著性狀涉及位點數(shù)的增加，表型與位點雜合性相關系數(shù)增加。