用同位素標記的探針與電泳分離后的PCR擴增產物進行雜交，根據放射自顯影后底片曝光強弱可以對模板DNA進行定量。Abbot等利用這種方法對人類T細胞白血病反轉錄基因進行了定量研究。
　　PCR擴增產物用專為檢測ds-DNA而設計的微量熒光計定量，利用染料H33258專與雙鏈DNA結合而使熒光增強50倍的特性。可以從標準模板系列稀釋擴增產物量曲線上讀出樣品中模板DNA的量或拷貝數，達到PCR定量的目的。
　　利用倍比稀釋模板作系列稀釋PCR，求出最低（PCR-EB）檢測限來比較，也是常用的半定量PCR方法。